山中で毒蛇に噛まれていた男はジュンガル部の人間だった。男は甄嬛を気に入り、その場を立ち去る。ちょうどその頃、西蔵で反乱が起きジュンガル部が関与している疑いがあったため、雍正帝は果郡王に西蔵への偵察を命じる。果郡王は甄嬛と結婚の誓いを交わし、40日で戻ると約束して出発していった。1か月後、甄嬛の元に恵嬪が訪れる。甄嬛の父親が重病だというのだ。そして父の容体を心配する甄嬛は吐き気をもよおす。甄嬛は果郡王との子を宿していたのだった。
新たに入宮した葉答応だったが、風変わりな性格のため他の妃嬪から煙たがれていた。皇后は寵愛を得る葉答応が皇子を産めば自分たちの脅威になると斉妃を消しかける。早速、斉妃は棗の汁物を届けさせ葉答応を身ごもれない体にするが、すぐ雍正帝に所業がバレてしまう。皇后に助けを求める斉妃だったが皇后に冷たく見放され自害、皇后は念願の第三皇子の養育権を手に入れるのだった。一方、甄嬛は温侍医から果郡王の乗る船が何者かの仕業で黄河に沈んでしまったことを知らされ…。
傷心の甄嬛は、おなかに宿した果郡王との子と流刑先で重病になった父親を守るため、そして果郡王の敵を討つため皇宮に戻ることを決意する。だが皇宮に戻るためには甄嬛と雍正帝が再会を果たす必要があったため、槿汐は雍正帝に仕える太監 蘇培盛を味方につけるべく、自分の身を捧げるのだった。そしていよいよ、祈祷のため雍正帝が甘露寺にやってくる日が訪れる。大切な人々を守るために甄嬛たちは一世一代の賭けに出るのだったが…。
雍正帝と再会を果たした甄嬛は、蘇培盛に身ごもっていることを明かし、これを受けて雍正帝もすぐに甄嬛を皇宮に戻そうと準備を始める。だが甄嬛の懐妊を知った皇后が早々に手を回し、欽天監に天象が凶兆を示していると報告させたため、甄嬛を皇宮に戻す件はいったん保留となる。そんな中、第四皇子への差し入れに毒が入れられるという事件が起きる。代わりに差し入れを口にした女官が命を落としてしまったのだ。身の危険を感じた第四皇子は皇太后のいる宮へ助けを求めるのだが…。
甄嬛を皇宮に戻すことを大臣たちに反対された雍正帝は、甄嬛に満軍旗である鈕祜禄(ニオフル)の姓と熹妃の身分を与え、第四皇子の生母として皇宮に戻すことを決める。ところが皇宮に戻る数日前になって、死んだと思われた果郡王が甄嬛の前に現れる。甄嬛は皇宮に戻ること、果郡王と逃げては家族や周囲の者たちを巻き添えにすると別れを切り出す。おなかに宿す命が果郡王の子であることは告げずに…。そしていよいよ皇宮に戻る日、甄嬛は冊封使である果郡王に手を取られ、甘露寺を後にするのだった。
雍正帝より息子と娘に異例の厚遇を受けた敦親王だったが、それだけでは飽き足らず生母を貴太妃に追封するよう雍正帝に迫る。そのうえ年羹堯までもが貴太妃に追封するよう提言してきたため雍正帝は激怒してしまう。甄嬛が敦親王の望みをかなえ年妃の封号を戻すよう雍正帝に進言したため、年妃は華妃として復活する。一方 この件を耳にした安陵容が、甄嬛が雍正帝に年妃の封号を戻すよう進言したことを沈眉荘に明かしたため、沈眉荘と甄嬛の間に亀裂が生じるのだった。
皇宮に戻るやいなや災難に襲われた甄嬛の元に儲秀宮の祺嬪と欣貴人が拝謁に訪れる。2人が不仲かどうかを探るため、甄嬛は自分の元宮女であり現在は欣貴人付の佩児に祺嬪の動向を探るよう命じるのだった。そんな折、夜に欣貴人の元に訪れた雍正帝を祺嬪が不調を理由に連れ出すという事件が起こる。甄嬛は病を治すためだと苦い汁物を届けさせ、祺嬪に皇帝の前で飲み干させる。寵愛を奪うという悪しき風習を抑えた甄嬛は皆に一目置かれるようになり、皇太后の信頼も取り戻すが、ある日、安陵容から意味深な警告を受け…。
永寿宮を訪れていた雍正帝の元に、祺嬪の体調がすぐれないため訪れてほしいと使いが来る。甄嬛の勧めで雍正帝が儲秀宮に向かうと、そこには欣貴人付の佩児をはじめ宮女たちに乱暴を働く祺嬪の姿があった。欣貴人は祺嬪が甄嬛を恨んでおり、元甄嬛付の佩児を虐待していると訴えたため、雍正帝は祺嬪を貴人に降格し、儲秀宮の管理を欣貴人に任せる。甄嬛は皇太后の元を訪れ、双子を宿していることを雍正帝と皇太后に報告する。皇太后は甄嬛に負担をかけぬよう、沈眉荘にもっと仕えさせるよう雍正帝を諭す。そして長年、訪れのなかった眉荘の元に雍正帝が訪れるのだったが…。
温実初と一夜を共にした沈眉荘は子を宿してしまう。愛する男の子を守るべく、眉荘は温実初に助けを求め、一方でこれまで拒んできた雍正帝を受け入れ、自分が皇帝の子を身ごもったと報告する。突然の吉報に雍正帝や甄嬛は大喜びするのだった。そんな甄嬛の元に突然皇后が訪れる。朧月を手放したくない敬妃が、槿汐の刺繍した品を蘇培盛が身に着けていたと訴えたのだ。その結果、蘇培盛と槿汐は慎刑司へ送られてしまう。甄嬛は長年尽くしてくれた槿汐を救うべく、端妃に助けを求めるのだった。
端妃の口添えもあり、蘇培盛と槿汐は厳罰を受けることもなく慎刑司から解放される。甄嬛は槿汐を温かく迎えるのだった。そして中秋節が訪れ、皇宮では皇族や妃嬪らの宴が開かれる。久しぶりの果郡王の姿に耐えきれなくなった甄嬛は口実を作って席を外す。すると果郡王が追い掛けてきたため、2人は久しぶりに言葉を交わすが、その様子を遠くから伺う人影があった。その後、宴が終わり宮に戻る甄嬛に多くの猫が襲い掛かる。そのショックで甄嬛は産気づいてしまうのだったが…。